Fue fundado por don Sancho Sánchez de Velasco y su esposa doña Sancha García, Camarera Mayor de doña Leonor de Aragón, según escritura otorgada en Baeza (Jaén), el 11 de enero de 1313. En ella dicen: "facemos en Medina de Pumar en un heredamiento nuestro que compramos con nuestros dineros que es cerca de la iglesia de San Millán de la dicha Medina un Monasterio de Santa Clara ...".

Este monasterio es la mejor prueba de la voluntad de los Velasco por Medina de Pomar fuera su definitivo lugar de referencia. Por otra parte, manifiesta estrecha relación de los fundadores con la Orden de San Francisco. El padre de don Sancho, Fernán Sánchez de Velasco "yace sepultado con su linaje de antiguos tiempos en el monasterio de San Salvador de Oña", según dice la mencionada lápida sepulcral de don Sancho.
El primitivo edificio no tuvo la extensión que hoy ocupa. El espacio de 5000 metros cuadrados, más la huerta que lo rodea de 22.000 metros cuadrados, fue aumentado por el Buen Conde de Haro y no se terminó la planta definitiva del Convento hasta 1532 y la de la Iglesia, hasta los tiempos de doña Juana de Córdoba, en que fue renovada (1580 – 1610). Hoy en día es habitado por una comunidad de Clarisas, dedicadas a la oración y al trabajo.



Es un complejo arquitectónico que engloba la Iglesia, el Convento, y el Panteón de la familia Fernández de Velasco.
La Iglesia.- Es la pieza más importante del Monasterio. Desde el atrio, se accede al interior de la iglesia a través de una portada formada por arquivoltas decoradas con cardinas que abocinan el tímpano ornamentado hoy con el escudo del enlace de Bernardino Fernández de Velasco y Juana de Aragón, sustituyendo la desaparecida imagen de Ntra. Sra. de las Angustias. En la puerta, de doble hoja, se aprecian los blasones de los Velasco, junto con el de los Manrique (parte alta) y divisas de los Velasco (cruz de San Andrés) y de los Manrique (banda).



La iglesia, de enorme amplitud y gran altura, es de estilo gótico y presbiterio rococó, silgo XVIII, es de una sola nave y capillas laterales entre contrafuertes. Se aprecia en la misma, tanto en el interior como en el exterior, que ha sido ampliada y reformada en varias ocasiones, a pesar de lo cual, la acertada articulación formal y uniformidad en los tratamientos de materiales le proporciona una gran unidad visual.


La iglesia consta de una sola nave sostenida por robustos machones que suben para formar los arcos de la bóveda, de crucería; a los laterales se abren las capillas.
FUE DECLARADO MONUMENTO BIC (BIEN DE INTERÉS CULTURAL) EN 1992.

La mayor parte de la iglesia es dedicada a panteón, lo ocupa la capilla Mayor, que encierra los restos de los miembros de la familia Velasco, cuyos enterramientos se hacían en esta iglesia por haberla convertido en panteón familiar el Buen Conde de Haro, don Pedro II Fernández de Velasco. Los enterramientos están constituidos por sencillas arquetas empotradas en los muros de la Capilla Mayor, que son cubiertas por cartelas imitando cueros retorcidos, con sus respectivos epitafios. Tras la reforma del presbiterio, en el siglo XVII, los restos fueron sacados de la cripta y colocados en los muros.
Aunque se trata de un edificio gótico S. XIV, otras épocas y estilos han dejado huella.
Destacaremos en él:
LA CAPILLA MAYOR: Los tres retablos de esta capilla fueron bañados en pan de oro por el maestro batidor de oro D. Luis de Gosti.



Destaca el "Retablo Central" de estilo barroco datado en 1774, de gran calidad, tanto en su estructura como en sus proporciones. Las esculturas se corresponden con: San Miguel Arcángel, San José; Santa Coleta, Santa Inés, hermana de Santa Clara y en la hornacina principal, presidiendo todo el retablo, Santa Clara de Asís, fundadora, junto a San Francisco, su amigo y maestro, de la Orden de Hermanas Pobres o Clarisas, que habitan este monasterio desde un principio.



Dentro del bello conjunto del altar mayor llama la atención el caprichoso manifestador para dar solemnidad a la exposición del Santísimo Sacramento. El sagrario remata en una cúpula sobre la cual se halla, en actitud de posarse, una paloma, símbolo del Espíritu Santo. "El tabernáculo" se compone de un artístico relicario de 206 celdillas, que enmarcan el singular expositor conocido como "Manifestador de la Paloma", dotado de un mecanismo para su elevación y apertura automática, siempre efectista, del nimbo radiante que adorna la custodia en la exposición solemne del Santísimo. Es una obra neoclásica que se añadió con bastante posterioridad al retablo mayor, aunque su construcción ya se decidiera en 1779.
Los dos altares que acompañan al central son de 1770 y de mucho menos tamaño, dedicados a San Francisco y San Juan.
LAS CAPILLAS LATERALES: A la izquierda y derecha de la nave central se abren pequeñas capillas que contienen retablos rococós (s. XVIII). Destacan la Capilla del "Cristo de las Cinco Llagas" y la capilla de "Santiago el Mayor", en la cual se abre un lucillo que contiene tres pequeños sepulcros.



LA CAPILLA DE LA CONCEPCIÓN: La capilla de La Concepción obedece a los mismos cánones que otras muchas capillas mandadas construir por los Velasco, Señores de Medina de Pomar, contando siempre con los proyectos de la categoría de los Colonia ó Juan de Rasines y se conocen en los tratados de Arquitectura como “Capillas ochovatadas burgalesas”. Esta de Medina de Pomar posse soluciones arquitectónicas parecidas a la catedral burgalesa, avalando la creencia de que los proyectos salieron de fuentes muy afines.
La reja que da acceso a esta capilla se atribuye al taller del gran maestro rejero Cristóbal de Andino, datada en 1545. Su planta cuadrangular pasa a octogonal a través de unas trompas con forma de conchas, rematándose en una espectacular bóveda de crucería afiligranada que presenta adornos dorados y policromados en las claves.


Destacar el Retablo renacentista, las figuras y nichos del retablo son consideradas muy próximas a Felipe de Bigarny, sobre todo la figura central, rodeada por las llamas o rayos, al modo de la Concepción franciscana, que representa a la Virgen con el Niño sobre su rodilla. La policromía y dorado de este retablo se deben al famoso dorador León Picardo, quien trabajó frecuentemente para la familia Velasco. Dentro de esta capilla a través de una puerta de estilo plateresco se accede a la sacristía que posee una bella bóveda estrellada y un suelo de guijas muy original.
EL CORO: El coro alto es una majestuosa nave de estilo gótico, con bóvedas de bella crucería compuesta y adornos de madera policromada en sus claves, que posee una admirable sillería de nogal y un retablo barroco, ricamente dorado y cuajado de reliquias. Una imagen de san Pedro Regalado, transportado por ángeles, remata este retablo, cuyas hornacinas superiores están ocupadas por dos excelentes tallas de san Francisco y santa Clara y las inferiores por otras de san José y la llamada Virgen de Trápani, por ser semejante a la famosa imagen italiana. Tal como reza la leyenda a modo de friso que recorre la parte alta de la sillería, mandó hacer ésta don Iñigo Fernández de Velasco, que murió casi cuatro años antes de la fecha de su instalación (1532), culminándola su hijo Pedro, el mismo que encargara el mausoleo.



Posee una admirable sillería de nogal del s. XVI y un Cristo en la Cruz del s. XVI atribuido a F. Bigarny.
El frontis del coro es un conjunto compuesto por dos artísticas rejas y un cuerpo central en el que se encuentra el Mausoleo de D. Iñigo Fernández de Velasco y su mujer Dª María Tovar; labradas en alabastro con un maestría digna de los más prestigiosos escultores de las primeras décadas del siglo XVI.
LA CRATÍCULA: En las Vitrinas, se exhiben diversos objetos de uso monacal, como cuencos, jarrones, portes de enfermería, floreros "de dedos", etc. y, en medio, un comulgatorio rococó que da nombre a esta estancia, ya que por su cratícula, solían comulgar las monjas en algunas festividades. Contiene un magnifico "Artesonado Renacentista".



LA SALA CAPITULAR: Está sala exhibe Artesonado y puertas mudéjares.
MUSEO DE LOS CONDESTABLES: Abierto al público, para que se acerque a visitar la colección de piezas que posee, muchas de las cuales se enumeran a continuación:



Se distribuye en once huecos en los que se cobijan siete vitrinas, situándose otras piezas directamente sobre los paramentos. En una urna colocada en el centro de la sala, se aloja la joya de este museo, el inefable Cristo Yacente siglo XVII, una de las cinco mejores obras de Gregorio Hernández, que ha estado presente en la Edades del Hombre celebradas en el año 1999 en Palencia y en el año 2002 en Nueva York.
Bajo la arcada central de este paramento se halla el cuadro de "La Adoración de los Reyes", óleo sobre tabla de escuela flamenca y que parece corresponder al final del siglo XV. Al lado opuesto, otro soberbio lienzo representa a la "Sagrada Familia con Santa Ana", obra de Hendrick Lecreck (1570 – 1630).



Les siguen en interés el célebre Relicario de los Siete Círculos, en cristal de roca y guarnecido en plata labrada, que contienen una pequeña cruz del Lignum Crucis traída de Château Chalom cuando el Condestable don Juan II Fernández de Velasco tomó en 1596 esta villa del poder de Enrique IV, donde lo había dejado por memoria el Emperador Carlomagno.
Dos vitrinas después tenemos el Cristo de Lepanto, que fue bendecido para tal batalla por Pío V y entregado por Sixto V al Condestable cuando fue a darle el parabién en nombre de Felipe II y que, tanto por tales circunstancias como por el perfecto acabado del trabajo en marfil, pudiera deberse al círculo de Benvenuto Cellini.
También sobresalen una cruz gótica, del siglo XVI, en plata; un excelente Cristo de marfil en cruz de concha, una Virgen en plata, "Ntra. Sra. con el Niño en brazos", del siglo XVI, puesta en caja de ébano. Varios relicarios de plata así como un Cristo de plata en cruz de ébano con serpiente sobre la cruz, el cordero con el libro y las tablas de Moisés, en plata, y el denominado Relicario Redondo, guarnecido en oro y planta dorada con esmalte. Un bargueñito holandés. La imagen de la Virgen de la Rosa con el Niño, de buen tamaño y cuidada policromía, gótica, quizá de finales del siglo XIV.
Cuerpos en alabastro de caballeros yacentes, un retrato de Iñigo Melchor Fernández de Velasco, obra de Blas González, del siglo XVII. Le siguen vitrinas con tapices, vestidos litúrgicos, cofres y un caprichoso altar de campaña, de bella decoración, del siglo XVI.
Carta de Fundación del Monasterio de Santa Clara de Medina de Pomar (Año 1313)
Cristo crucificado. Madera policromada. Autor desconocido; actualmente en fase de investigación. Fuera de la Sala del museo.
Retrato de D. Iñigo Fernández de Velasco. Blas González (Siglo XVI)
La Adoración de los Magos. Óleo sobre tabla (Ultimo tercio del siglo XV) Obra exhibida en la Exposición sobre el Tratado de Tordesillas y en "Las Edades del Hombre" de Amberes.
Virgen sedente con Niño. Madera policromada (Siglo XIV)
Imagen de Santa Teresa de Jesús. Madera policromada (Siglo XVII) Anónima.
Virgen de Trápani. Alabastro policromado (Siglo XIV)
Virgen con Niño. Bajorrelieve en alabastro (Fines del siglo XV)
Sagrada Familia y Santa Ana. Óleo sobre lienzo. Escuela italiana (Siglo XVI)
La Anunciación. Óleo sobre tabla. Pintura-relicario (Siglo XVI)
Coronación de la Virgen. Óleo sobre cobre. Pintura-relicario (Siglo XVI)
Cristo de marfil. Talla italiana (Hacia 1600)
Calvario en miniatura. Marfil (Siglos XVI-XVII)
Relicario. Plata labrada y cristal de roca (Siglo XVI)
Relicario. Plata y cristal de roca. (Siglo XVI)
Portapaz. Plata sobredorada. Finales del siglo XVI. Mostrada en el Exposición sobre el Tratado de Tordesillas.
Bustos-relicarios de San Juan Bautista y Santa Ana. Madera dorada y plateada (Siglo XVI)
Busto-relicario de Santa Bibiana. Madera policromada (Siglo XVI)
Cofre de plata con aplicaciones de concha de carey. Posible origen filipino (Siglos XVI-XVII)
Bargueño holandés. Madera con pintura sobre cobre (Siglo XVI)
Colección de textiles litúrgicos.
Alfombra mudéjar ( Segunda mitad del siglo XV) Expuesta en "Las Edades del Hombre" en 1993-1994 en Salamanca.
Paño funerario. Lana y bordados superpuestos (Hacia 1520)
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